İlkbaharda kiraz çiçeklerinin yaprakları döküldüğünde Yū Narukami, ailesinin şartları nedeniyle amcası ve kuzeninin yanında yaşamak için Yaso Inaba'ya taşınır. Olaylarla dolu okul hayatının başladığı Yasogami Lisesi'ne transfer olur. Ancak huzurlu kasabada seri cinayetler işlenmeye başladığında Yū, kalbinin gücünün fiziksel bir forma dönüştüğünü fark eder: Bir Persona. Bu yeni gizemlerin içinde, alternatif dünya Kadife Oda'nın sakini olan ve geçmişine dair hiçbir anısı olmayan Marie de var. Yū, arkadaşlarıyla birlikte önüne çıkan tüm bilmeceleri çözmeli ve Yaso Inaba'yı daha fazla şiddetten kurtarmalıdır.