2118'de insanlığın %99,9'u Draktor olarak bilinen istilacı bir uzaylı gücü tarafından yok edildi. Hayatta kalanların anıları, güçlendirilmiş barınaklarda hayata devam etmeden önce silinir. İnsanlık, Megaton sınıfı Rogue'lar olarak bilinen dev robotları kullanarak gezegeni geri almak için bir saldırı düzenler. Yamato Ichidaiji, Rogue'lardan birine pilotluk yapması için çağrılırken, tam da istilaya dair anılar geri gelir ve tehlikeli sorular ortaya çıkar.